A Hegyalja szőlőművelése már a középkorban is jelentős volt, de különösen a XVI. század második felétől lendült fel. Számos főúr és felvidéki város igyekezett itt szőlőbirtokot szerezni. A XVII. században a Rákócziak voltak a legnagyobb szőlőtulajdonosok, akik sokat tettek a szőlőművelés fejlesztéséért.

A "Beszélő kövek, a pataki vár építéstörténete" című kiállítás a főlépcsőházban és a 19. századi emeleti udvari folyosón látható 1998 óta. A kövek eredeti helyzetét, kiemelésüket, restaurálásukat is dokumentáló kiállítás különleges darabja a Vörös-torony címeres főkapujának felső része. A kövek elhelyezése teszi lehetővé, hogy a látogató a kövek átfaragását, másodlagos felhasználásukat is érzékelje.

A Perényi-szárny háromárkádos termében a Bretzenheim hercegek 1841-ben könyvtárat és írószobát rendeztek be a kor divatjának megfelelően. A múzeum régi könyvei a sátoraljaújhelyi volt piarista és a boldogkőváraljai Péchy és Zichy család könyvtárából kerültek ide.

A keleti palotaszárny alagsorában nyílt meg 1999-ben a Gótikus kőtár. Ebben a szárnyban volt a Windischgraetzek korában az istálló. Később Erdélyi János-teremként a múzeum néprajzi kiállításainak adott helyet. A pillérekkel tagolt, boltozott tér helyreállítása Détshy Mihály nevéhez fűződik, ő tervezte a bejárat lépcsőjét.

A kiállítás a táj legalapvetőbb termelési folyamatához, a földműveléshez, azon belül is főként a gabonatermesztéshez kapcsolódik. A földművelés szerszámai évszázadok folyamán alakultak ki. A bejárattól jobbra a mezőgazdasági munkák járulékos eszközei, különböző típusú szekerek, jármok, egyéb felszerelési tárgyak találhatók. Balra a fa gerendelyes vas eke nyitja az eszközök sorát.

A XVI-XVII. században a Vár délnyugati sarokbástyája mellett helyezkedett el a konyha. A XIX. században is itt volt, természetesen feltöltve, többször megújítva, s a tüzelőberendezése - mely immár nem a helyiség közepén állt - a déli várfal és a két pillér által közrefogott, zárt tűzhely volt. Ezt használták a Windishgraetz-család idején, sőt 1959-ig, az Alkotóotthon konyhájaként is. Helyreállítására 1994 - 96 között került sor.

A Várkastély déli Lorántffy-szárnyának pincéje, amely a korabeli forrásokban "kertészek pincéje" megnevezéssel szerepel, a 17. században, a palotaszárnyak kialakításával egyidőben épült. E korból való egyszerű kőkeretes ajtaja is. A dongaboltozatos helyiségben láthatók a Vár építéstörténetének művészeti emlékekben gazdag szakaszára - a reneszánszra - utaló kőfaragványok.

I. Lipót rendelete nyomán Patak külső várát felrobbantották a császáriak. A megmaradt belső vár azonban jelentős szerepet játszott az 1703 és 1711 között lezajlott függetlenségi küzdelemben. A szabadságharc vezérlő fejedelme, II. Rákóczi Ferenc 1708-ban Patakra hívta össze az utolsó kuruc országgyűlést, amely a Vörös-torony nagytermében, az Öregpalotában ülésezett. Itt mondták ki a végig katonáskodó jobbágyok hajdúszabadságát.