A Perényi-szárny háromárkádos termében a Bretzenheim hercegek 1841-ben könyvtárat és írószobát rendeztek be a kor divatjának megfelelően. A múzeum régi könyvei a sátoraljaújhelyi volt piarista és a boldogkőváraljai Péchy és Zichy család könyvtárából kerültek ide.

A keleti palotaszárny alagsorában nyílt meg 1999-ben a Gótikus kőtár. Ebben a szárnyban volt a Windischgraetzek korában az istálló. Később Erdélyi János-teremként a múzeum néprajzi kiállításainak adott helyet. A pillérekkel tagolt, boltozott tér helyreállítása Détshy Mihály nevéhez fűződik, ő tervezte a bejárat lépcsőjét.

I. Lipót rendelete nyomán Patak külső várát felrobbantották a császáriak. A megmaradt belső vár azonban jelentős szerepet játszott az 1703 és 1711 között lezajlott függetlenségi küzdelemben. A szabadságharc vezérlő fejedelme, II. Rákóczi Ferenc 1708-ban Patakra hívta össze az utolsó kuruc országgyűlést, amely a Vörös-torony nagytermében, az Öregpalotában ülésezett. Itt mondták ki a végig katonáskodó jobbágyok hajdúszabadságát.