I. Lipót rendelete nyomán Patak külső várát felrobbantották a császáriak. A megmaradt belső vár azonban jelentős szerepet játszott az 1703 és 1711 között lezajlott függetlenségi küzdelemben. A szabadságharc vezérlő fejedelme, II. Rákóczi Ferenc 1708-ban Patakra hívta össze az utolsó kuruc országgyűlést, amely a Vörös-torony nagytermében, az Öregpalotában ülésezett. Itt mondták ki a végig katonáskodó jobbágyok hajdúszabadságát.

A XVI-XVII. században a Vár délnyugati sarokbástyája mellett helyezkedett el a konyha. A XIX. században is itt volt, természetesen feltöltve, többször megújítva, s a tüzelőberendezése - mely immár nem a helyiség közepén állt - a déli várfal és a két pillér által közrefogott, zárt tűzhely volt. Ezt használták a Windishgraetz-család idején, sőt 1959-ig, az Alkotóotthon konyhájaként is. Helyreállítására 1994 - 96 között került sor.

A Perényi-szárny háromárkádos termében a Bretzenheim hercegek 1841-ben könyvtárat és írószobát rendeztek be a kor divatjának megfelelően. A múzeum régi könyvei a sátoraljaújhelyi volt piarista és a boldogkőváraljai Péchy és Zichy család könyvtárából kerültek ide.