Több, a raktár mélyéről előkerült, eddig az állandó kiállításon nem szerepelt alkotás is látható 2016. február 5-étől az Újragondolt Czóbel című kiállításon Szentendrén, ahol a látogatók szó szerint is betekinthetnek egyes múzeumi főművek háta mögé. Néhány most feltárt kép ugyanis eddig egy-egy másik munka hátoldalán átfestve, eltakarva, elrejtve szunnyadt.

1989-ben történt meg a középkori üveghuta rekonstrukciója. 1990-ben pedig megnyílt a kolostor épületében a Rajeczky Benjámin emlékszoba és a ciszterci rend történeti kiállításának első változata. 1997-ig a múzeumi épületben működött a városi könyvtár is, melynek elköltözésével több hely maradt a kiállítások számára. 1997 októberében elkészült a Csohány Kálmán emlékére című kiállítás, (ennek helyén ma - a Csohány Galéria megnyitását követően - időszaki kiállítások láthatók.)