A Janus Pannonius Múzeum Zsolnay gyűjteményében őrzött több mint ötven darab ókori egyiptomi jelenettel és motívummal díszített műtárgy, valamint a hozzájuk tartozó tervlapok egy olyan alkotói folyamatba engednek betekintést, amely Zsolnay Teréz ókori Egyiptomhoz fűződő személyes kötődésén alapul, mellyel a pécsi Zsolnay gyár Tutanhamon néven ismertté vált sorozata megszülethetett.

1989-ben történt meg a középkori üveghuta rekonstrukciója. 1990-ben pedig megnyílt a kolostor épületében a Rajeczky Benjámin emlékszoba és a ciszterci rend történeti kiállításának első változata. 1997-ig a múzeumi épületben működött a városi könyvtár is, melynek elköltözésével több hely maradt a kiállítások számára. 1997 októberében elkészült a Csohány Kálmán emlékére című kiállítás, (ennek helyén ma - a Csohány Galéria megnyitását követően - időszaki kiállítások láthatók.)