A keleti palotaszárny alagsorában nyílt meg 1999-ben a Gótikus kőtár. Ebben a szárnyban volt a Windischgraetzek korában az istálló. Később Erdélyi János-teremként a múzeum néprajzi kiállításainak adott helyet. A pillérekkel tagolt, boltozott tér helyreállítása Détshy Mihály nevéhez fűződik, ő tervezte a bejárat lépcsőjét.

A Várkastély déli Lorántffy-szárnyának pincéje, amely a korabeli forrásokban "kertészek pincéje" megnevezéssel szerepel, a 17. században, a palotaszárnyak kialakításával egyidőben épült. E korból való egyszerű kőkeretes ajtaja is. A dongaboltozatos helyiségben láthatók a Vár építéstörténetének művészeti emlékekben gazdag szakaszára - a reneszánszra - utaló kőfaragványok.

A XVI-XVII. században a Vár délnyugati sarokbástyája mellett helyezkedett el a konyha. A XIX. században is itt volt, természetesen feltöltve, többször megújítva, s a tüzelőberendezése - mely immár nem a helyiség közepén állt - a déli várfal és a két pillér által közrefogott, zárt tűzhely volt. Ezt használták a Windishgraetz-család idején, sőt 1959-ig, az Alkotóotthon konyhájaként is. Helyreállítására 1994 - 96 között került sor.

A Perényi-szárny háromárkádos termében a Bretzenheim hercegek 1841-ben könyvtárat és írószobát rendeztek be a kor divatjának megfelelően. A múzeum régi könyvei a sátoraljaújhelyi volt piarista és a boldogkőváraljai Péchy és Zichy család könyvtárából kerültek ide.