Több, a raktár mélyéről előkerült, eddig az állandó kiállításon nem szerepelt alkotás is látható 2016. február 5-étől az Újragondolt Czóbel című kiállításon Szentendrén, ahol a látogatók szó szerint is betekinthetnek egyes múzeumi főművek háta mögé. Néhány most feltárt kép ugyanis eddig egy-egy másik munka hátoldalán átfestve, eltakarva, elrejtve szunnyadt.

A múzeumban régészeti, képzőművészeti, néprajzi, természetrajzi, patikatörténeti állandó kiállításokat tekinthetnek meg a látogatók, de az épület folyamatosan kínál változatos témájú időszaki tárlatokat, fogad vándorkiállításokat - akár külföldről is. Az intézmény speciális programokat kínál gyermekeknek ("Kincskeresők" Múzeumi Matinék és nyári tábor), melyek a múzeum állandó és időszaki tárlatainak anyagát dolgozzák fel.