A Tornyok, arcok, maszkok című kiállításon Vajda Lajos rövidre szabott életművének kronologikus alakulásával ismerkedhet meg a látogató, a korai stúdiumoktól, a transzparens rajzokon át egészen az életmű lezárását jelentő nagy szénrajzokig bezárólag.

1989-ben történt meg a középkori üveghuta rekonstrukciója. 1990-ben pedig megnyílt a kolostor épületében a Rajeczky Benjámin emlékszoba és a ciszterci rend történeti kiállításának első változata. 1997-ig a múzeumi épületben működött a városi könyvtár is, melynek elköltözésével több hely maradt a kiállítások számára. 1997 októberében elkészült a Csohány Kálmán emlékére című kiállítás, (ennek helyén ma - a Csohány Galéria megnyitását követően - időszaki kiállítások láthatók.)