A rendszerváltás után a magyar Ciszterci Rend Zirci Kongregációja visszaigényelte és visszakapta a kolostor épületét, amelyet szerődéssel Pásztó városának adta át, múzeum céljára. Feltétel volt, hogy legyen benne a ciszterci rendet és a magyorországi ciszterci monostorokat bemutató kiállítás.

1526-ban a pásztói szerzetesek a mohácsi csata hírére elmenekültek. Az elhagyott épületet, királyi parancsra megerősítették, de az komoly stratégiai jelentőségre nem tett szert. A királyi katonaság az ellenállást meg sem kísérelte. 1551-ben a török sereg közeledtére a várat felgyújtották és elmenekültek. A tűzvésznek a város nagy része is áldozatul esett, többek között az oskolamester háza is.

Az üveghutától délre, a hajdani patak partján három helyiségből álló épület falait tárták fel. A harmadik helyiség déli falára épült rá a barokk kolostor.