A földtörténeti középidőből származó leletek a Jura és a Kréta időszakból származnak, lábnyomok és csontok egyaránt bemutatásra kerülnek. A dinók lehetséges kinézetét és egykori élőhelyét Pecsics Tibor látványos rekonstrukciói mutatják be.

A Magyarország földtörténete kiállítás a szilurtól napjainkig mutatja be a mai Magyarország és a Kárpát-medence területén található földtörténeti emlékeket.

Az egyik leghíresebb ősmaradvány Magyarországról, Rudabányáról. A kb. 10 millió éve élt ősmajom és egykori élőhelye kutatása jelenleg is folyik.

2016-ban az MFGI abban a megtiszteltetésben részesült, hogy a Böckh család leszármazottai a Stefánia úti épületben állították ki Böckh János nemesi oklevelét.