A XIX. század vége a magyar nemzet számára különleges évforduló volt. Ezer évvel korábban, a IX. század végén zajlott le a Kárpát-medencében a magyarok krónikákban is rögzített honfoglalása. Zichy Jenő, az Országos Ipartestület elnöke e történelmi esemény tiszteletére világkiállítást és ünnepi rendezvénysorozatot javasolt, amiből 1893-ra egy nagyszabású országos millenniumi kiállítás terve bontakozott ki. Tervbe vettek ipari és gazdasági kiállításokat, a hangsúlyt azonban Magyarország ezeréves történetének bemutatására helyezték. Az ünnepségek időpontját 1896-ra tűzték ki.

A millenniumi kiállítás épületére 1893. február 8-án tervpályázatot hirdettek, s az április 30-i határidőre 11 terv érkezett. A pályázat jellegzetessége volt, hogy majdnem mindegyik pályázó a Széchenyi-szigetet választotta a kiállítás helyszínéül, de a bíráló bizottság mindegyiket kifogással illette, majd a legerősebb beleérzést mutató résztvevőket, Alpár Ignácot, Schickedanz Albertot és Pfaff Ferencet év végéig újabb pályaművek benyújtására kérték fel.

Végül a bíráló bizottság elég különös határozatot hozott. Alpár Ignác tervét hirdették ki nyertesnek azzal, hogy az építész nem lesz képes megoldani a tervben szereplő feladatot, mert az nagy, de ha el is készül, sikertelen egyvelegnek fog mutatkozni. Az illetékes miniszter ettől függetlenül kiadta a kivitelezési tervre a megbízást Alpár Ignácnak, de igen rövid, négyhónapos határidővel.

Az épületegyüttes három, jól elkülöníthető részre tagolódott: az Árpád-házi királyok kora - román stílus; a vegyes uralkodóházi királyok kora - gótikus; a Habsburgok kora - reneszánsz és barokk stílus.

Az építkezések 1894 nyarán kezdődtek el. Mivel ekkor még mindent ideiglenes jelleggel és a gyorsaság követelményei szerint építettek, a falaknak előbb a favázát készítették el, majd a közöket téglával kifalazták.

A hatalmas, 4580 m2 alapterületű, 593.000 forint költséggel felépített együttes 1895 végére elkészült, s megkezdődhetett a kiállításrendezés. Az épületben Magyarország ezeréves történetének egy-egy jellegzetes időszakát, eseményét mutatták be. Ugyanakkor a román stílusú szárnyban Ferenc József és kísérete számára készítettek fogadó- és pihenőhelyet.

A millenniumi kiállítást 1896. május 2-án az uralkodó jelenlétében nyitották meg. Fél év alatt a bemutató sok ezer látogatót fogadott, akik között az Alpár által tervezett épületegyüttes igen népszerűvé vált. Mivel az épület legjellegzetesebb, gótikus része a dél-erdélyi Vajdahunyad várát mintázta, Alpár alkotását már ekkor Vajdahunyadvárként emlegették.

A kiállítás bezárása, október 31-e után a 14.000 darabos gyűjteményt a közel kilencszáz kiállító, tulajdonos hazavitte. A történeti csoport épületein egy külső és belső tatarozás következett, s az épületeket a Magyar Királyi Mezőgazdasági Múzeum kapta meg. De ezzel az épület története még korántsem fejeződött be!

1899-ben ugyanis előbb a gótikus szárny, s az év közepére a reneszánsz szárny is - nyilvánvalóan alapozási elégtelenségek miatt - "megrogyott", repedezni kezdett. A kiállítás idején oly népszerűvé vált épületet le kellett bontani. Így aztán Alpár Ignác másodszor is megbízást kapott.

Alpár Ignác csak keveset változtatott az eredeti terven. Az elrendezés maradt, minden épület a korábbi helyére került. A gótikus és a reneszánsz csoport közé az üzemi, gépészeti berendezések számára, összekötő elemként egy új épületet építettek. A reneszánsz épület udvarát pedig beépítették.

Végül 1907 júniusában nyitották meg az épületegyüttest mint a Magyar Királyi Mezőgazdasági Múzeum új otthonát, ám az épület építése, külső és belső kialakítása tulajdonképpen még nem fejeződött be. Alpár számos belsőépítészeti terve csak évtizedek múlva valósult meg, illetve a kényszerű felújítások miatt külső átalakításokat is kellett végezni.

A Vajdahunyadvárat 1991-ben műemlékké nyilvánították.