Az állandó kiállításon a múzeum természettudományi gyűjteményből gazdag válogatást tekinthet meg a látogató: tanulmányozhatja a vidék közel 350 millió éves föld- és élettörténetét, napjaink jellegzetes szubmediterrán növény- és állatvilágát.

A természettudományi gyűjtemény gyűjtőterülete a mintegy 300 kilométert kitevő igen változatos geológiai valamint ökológia felépítésű Kelet-mecsek és Baranyai-hegyhát. A gyűjtemény a vidék földtani, őslénytani, növény- és állattani értékeit kutatja. Kiemelten foglalkozik a mikroszkópikus őslénytannal, a hazai és eurázsiai molylepkék rendszertanával, ökofaunisztikájával, állatföldrajzával és természetvédelmével. Geológiai, őslénytani és biológiai gyűjteményeiben mintegy 350 000 múzeumi tárgyat őriz.