A töröktől többé kevésbé megkímélt Hegyalja mezővárosi fejlődése, a szőlőnek és bornak köszönhető jóléte a 18. században gazdag templombelsőket eredményezett. A tájegység 19-20. századi hanyatlása, valamint az ízlés változása nem kedvezett a barokk örökségnek. Kuklay Antal leletmentő, gyűjtő munkájának köszönhetően a múzeum ma a hegyaljai barokk egyházművészet és liturgikus élet gazdag anyagát őrzi.

Egyes szerzetesrendek 1950-es feloszlatása ugyancsak a műtárgyak nagyarányú szóródását és pusztulását eredményezte. A szikszói Szociális Missziótársulat zárdájának képanyaga, a piaristák sátoraljaújhelyi rendházából ereklyetartók, a gödöllői és jászóvári premontrei rend bodrogközi birtokairól értékes liturgikus öltözékek menekültek meg az enyészettől, s képezik részét ma is a gazdag Gyűjteménynek.

A II. Vatikáni Zsinat liturgikus reformja következtében számos berendezési és liturgikus tárgy funkcióját vesztve kikerült a templomokból és a múzeumban őrizzük.

A Múzeum érdekességei közé tartoznak a helytörténeti munka fontos forrásai, a plébániákról begyűjtött háztörténetek. Adományozás révén került a gyűjteménybe Rákóczi Zsigmond és I. Rákóczi György erdélyi fejedelmek egy-egy okirata is. A gyűjtemény ugyanakkor gondozza Demeter István pap költő és festő művészeti hagyatékát is.