A vár az 1532-ben, a Bécs felé nyomuló oszmán hadak rohama elleni védekezést vezető várkapitányról kapta a nevét. Jurisics Miklós maroknyi védőserege 19 ostromot vert vissza; az ő győzelmeikre emlékeztet a Kőszegen mindennap 11-kor megszólaló harangszó.

A kőszegi alsóvár legrégebbi része a 13. században épült. Az eredetileg gótikus stílusú belső várat később kibővítették; a reneszánsz és barokk korban is átalakított épületegyüttes uradalmi várkastélyként szolgált. Kétszigetes jellege ma is megfigyelhető: jól látható, hogy az elővárat és a belső várat is vizesárok vette körül. Az elővár épületei gazdasági célokat szolgáltak, itt volt a kocsiszín, az istálló, s itt helyezték el az őrséget is. Az elővár udvarából az egykori vizesárok fölött vezető, csapóhíd elbontása után épült téglahídon lehet eljutni a belsővárig. Az északi szárnyban gótikus falfestések őrződtek meg, az ablakok körül reneszánsz festés és sgraffito látható.

Kőszeg várának első említése 802-ből származik: Einhard krónikája említi castellum Guntionis néven. A tatárok elvonulása után kezdődött meg az Alsóvár kiépítése a völgybeli település mellett, ami a középkorban átvette a nehezen megközelíthető Felsővár földesúri birtokközpontjának szerepét. A 13. század végén birtokosa a Héder nemzetség volt. 1289-ben Albert herceg elfoglalta a várat. 1291-ben III. András a hainburgi béke feltételeinek megfeleően az Óvárat leromboltatta. 1327-ben Károly Róbert több háborúskodás után elfoglalta a Kőszegi családtól a várat, majd győzelme után 1336-ban jelentős privilégiumokkal segítette a város lakosait a fejlődésben. Az osztrák betörések megelőzése érdekében fokozatosan kiépítették a városfalakat, melyeket erős tornyok védelmeztek. A falakat övező árkokba pedig, a közeli Gyöngyös patak vizét vezették be. 1392-ben a vár a Garai családé, 1445-ben a Habsburgoké volt, tőlük Hunyadi Mátyás 1482-ben visszavette, de 1492-ben a Habsburgok ismét elfoglalták.

Legismertebb ostromát az 1532-ben Bécs városa felé vonuló Szulejmán török szultán óriási seregétől szenvedte el, aki ellen Jurisics Miklós várkapitány mintegy ezerfőnyi, kisebb részben katonáiból, de inkább a bemenekült környékbeli jobbágyokból szervezett védősereget. A huszonöt napos viadal során az Oszmán Birodalom hadai minden lehetséges eszközt bevetettek. Végül közös megegyezéssel nyolc toronyra nyolc török zászlót engedtek kitűzni a magyarok, így a szultán számára látszólagos győzelmet jelenthetett neki Ibrahim török nagyvezér, így elvonulhattak Kőszeg falai alól déli irányba. A szultán a Király-völgy, és a Kálvária-hegy közötti dombról követte az eseményeket. Ez a hely azóta a Szultán-domb elnevezést viseli. Mivel Bécs városát jelentős osztrák seregek biztosították. Habsburg Ferdinánd a hősies vitézségéért Jurisich Miklóst bárói rangra emelte és neki adományozta Kőszeg városát. Jurisich azonban fiú utód hátrahagyása nélkül halt meg, így visszakerült a királyi kamara kezelésébe. 1695-ban a vár és az uradalom Esterházy Pál (nádor) birtokába került, majd a család egészen 1931-ig birtokolta a kőszegi várat. Ezt követően eladták és honvédségi tulajdonba került 1955-ig.

Az előző évszázadokban még sokszor ostromolták a kereskedővárost az erdélyi, császári és kuruc csapatok, mert gazdag polgárházaival vonzó zsákmányt jelentett. 1777-ben a várat tűzvész pusztította, ekkor bontották le védőműveinek nagyobb részét.