A Pannonhalmi Főapátság gazdag képzőművészeti gyűjteményeiből rendezett válogatás anyaga ritkán látható a nagyközönség számára, hiszen legnagyobb részük a monostori klauzúrában, a látogatók elől elzárt területen található. A kiállítás elsősorban az arckép funkcióit és funkcióváltásait igyekszik bemutatni, természetesen nem hagyva figyelmen kívül az ikonográfiai és ikonológiai vonatkozásokat sem. A szerzetesi műgyűjtés szempontjai nem mindig estek egybe az esztétikai szempontokkal, és a századok során igen változó színvonalú anyag gyűlt össze, ezért kiállításunk rendező elve nem a hagyományos művészettörténeti megközelítés, hanem elsősorban a kulturális antropológia és a művelődéstörténet szempontjai.

A múzeumban régészeti, képzőművészeti, néprajzi, természetrajzi, patikatörténeti állandó kiállításokat tekinthetnek meg a látogatók, de az épület folyamatosan kínál változatos témájú időszaki tárlatokat, fogad vándorkiállításokat - akár külföldről is. Az intézmény speciális programokat kínál gyermekeknek ("Kincskeresők" Múzeumi Matinék és nyári tábor), melyek a múzeum állandó és időszaki tárlatainak anyagát dolgozzák fel.