Az állandó kiállításon a múzeum természettudományi gyűjteményből gazdag válogatást tekinthet meg a látogató: tanulmányozhatja a vidék közel 350 millió éves föld- és élettörténetét, napjaink jellegzetes szubmediterrán növény- és állatvilágát. A természettudományi gyűjtemény gyűjtőterülete a mintegy 300 kilométert kitevő igen változatos geológiai valamint ökológia felépítésű Kelet-mecsek és Baranyai-hegyhát.