1939 tavaszától, a lengyel-német államközi kapcsolatok romlásának idején, a magyar kormány tudatosan nem kívánt bekapcsolódni egy háborús konfliktusba, sőt a maga szerény eszközeivel közvetíteni akart a két állam között. A háborús eseményeket látva a Teleki-kormány felkészült a lengyelek fogadására, bár még nem tudta megbecsülni létszámukat. A kormány kinyilvánította, hogy a nemzetközi szerződésekben foglalt jogszabályoknak megfelelően jár el a katonai és polgári menekültekkel szemben, és nem adja ki őket Németországnak.

A lengyel menekült katonákról a Honvédelmi-, a polgári személyekről a Belügyminisztérium gondoskodott, egyben kérték a nemzetközi segélyező és emberbaráti szervezetek (pl. Nemzetközi Vöröskereszt) segítségét. A lengyelek ügye a Belügyminisztérium apparátusán belül a Külföldieket Ellenőrző Központi Hivatal és a IX. Szociális és segélyezési osztály feladata lett. Ez utóbbi élére dr. Antall József miniszteri tanácsost állították kormánybiztosi minőségben. Ő segítséget nyújtott a lengyel Honi Hadsereg illegális magyarországi bázisának működtetéséhez is, segítette a lengyel katonák nyugatra szökését. E tevékenysége miatt a Gestapo Antall Józsefet 1944. március 19-e után letartoztatta, és csak Horthy kormányzó követelésére engedték - többedmagával együtt - szabadon 1944 szeptemberében.

A második világháború ideje alatt magyar földön közel 100-140 ezer lengyel fordult meg, 1939 őszén mintegy 70-90 ezer lengyel katona és polgári személy lépett magyar területre. Többségük 1940 tavaszáig távozott, a világháború végéig mintegy 30 ezer katonai és polgári személy maradt Magyarországon. A lengyel kormány, a katonai főparancsnokság és a hadsereg francia földön újjáalakult, és a lengyel politikai élet számos kiválósága és a katonai vezetés több parancsnoka - különböző utakon, főleg Magyarországon keresztül - Franciaországba menekült. Az új kormány és a hadsereg főparancsnokság Párizs közelében, majd Franciaország német megszállása után Londonban működött.

Ezalatt hazánkban - túllépve a nemzetközi szerződések nyújtotta jogi kereteket - a lengyel menekültügy szociális kérdés lett, hiszen a tényleges anyagi gondoskodáson túl biztosították a menekülteknek az érdekvédelem, a kulturális tevékenység, a sajtó- és tájékoztatás, az iskolázás, a betegellátás, stb. jogait is. A háború folyamán nagy számban érkeztek Magyarországra lengyelországi zsidók is, akiket - a magyar hatóságok hallgatólagos beleegyezésével - a lengyel szervezetek katolikus lengyel papírokkal láttak el, és ezek után a többi lengyel emigránshoz hasonló bánásmódban részesültek.