A XVIII. sz. közepéig a természettudományok csak a filozófia részeként jelentek meg az oktatásban. A jezsuita rendek tanítási rendszerét az 1599-ben kiadott Ratio Studiorum szabályozta: "A jelentőséggel bíró dolgokban Arisztotelésztől el ne térj!". A protestáns iskolák tanárai azonban már a nyugati egyetemeken tanultak, és az ott megszerzett korszerű tudást adták tovább tanítványaiknak; a kémiát a fizika tantárgy részeként tárgyalták.

A múzeum főlépcsőházában létesített történelmi arcképcsarnokban azoknak a magyar tudósoknak, ipari szakembereknek a portréja van elhelyezve, akik a kémiaoktatás, a vegyészeti tudomány és a vegyipar fejlesztése terén kiemelkedőt alkottak.

A II. emeleten az 1950-es évek laborjában találja magát a látogató, ahol többek között Zemplén Géza híres vegyész laborasztala és felszerelése, gázlánggal fűthető szárítószekrény és számos eredeti tárgy idézi fel az 50-es évek laboratóriumát.

Értékes darab a XX. század elején készült nagyméretű táramérleg és Than Károly ún. higanyos súlysorozata. Láthatunk még XIX. századi levélmérleget; gabona minőségmérőt, amellyel a gabona hektolitersúlyát lehet megállapítani. A már említett Than súlysorozaton kívül latsúlysorozatot, gyógyszertári súlykészletet, analitikai- és táramérleg súlysorozatokat is láthatnak a látogatók.