A Debreceni Református Kollégium Múzeuma (korábbi hivatalos nevén: Református Kollégiumi és Egyházművészeti Múzeum) a Tiszántúli Református Egyházkerületi Gyűjtemények tagintézménye. Többévszázados előzmények és egy XIX. századi nyilvános periódus után csupán 1964-ben kapott működési engedélyt.

A múzeum a többi gyűjteményi ágazathoz, a Nagykönyvtárhoz és Levéltárhoz hasonlóan egyrészt egyházkerületi, azaz regionális hatáskörű, másrészt az egyik legpatinásabb hazai iskola, az 1538-as alapítású Debreceni Kollégium múzeuma. Ez a kettős kötődés megnyilvánul működésének minden területén, a gyűjtőkörtől az állandó kiállításokig.

A Múzeum leltárában jelenleg közel 17 000 tárgy található a régészeti, történeti, iskolatörténeti, képzőművészeti, iparművészeti, néprajzi és numizmatikai osztályokban. A legjelentősebb számszerűleg is a magyar ötvösség és hímzőkultúra páratlan kincseit őrző iparművészeti osztály. A képtárat olyan művészek alkotásai gazdagítják, mint Kiss Sámuel, Kiss Bálint, Orlay Petrics Soma, Barabás Miklós, Zichy Mihály, Rippl Rónai József, és a debreceni rézmetsző diákok munkái; de itt található Ferenczi István, Izsó Miklós, Medgyessy Ferenc néhány szobra és plasztikája is.
Az egykor 33 000 darabból álló nemzetközi jelentőségű Szőnyi féle kollekció mellett az ásványgyűjtemény része a kabai meteorit is, amellyel először vált bizonyíthatóvá a földön kívüli szerves élet lehetősége. Már 1840 táján értékes néprajzi hagyatékot őrzött a Kollégium, melyet a Kollégium tanárainak Észak-Afrikai (Kovács János) és Új Guineai (Bíró Lajos) gyűjtései gyarapítottak. (Az utóbbi jelenleg a Néprajzi Múzeumban található.)

A muzeális értékek őrzésének hagyománya a XVI. századig vezethető vissza, tehát egyidős a Kollégiummal. Már a Nagykönyvtár legelső leltáraiban megtalálható a legkülönbözőbb "raritások" felsorolása: érmék, csontvázak, mammutfogak, címerek, fegyverek és festmények részletezése. A Régiségtár első említése 1761-ből származik. A Kovács János professzor által szervezett Múzeumot vasárnaponként már 1858-tól megtekinthették a látogatók. Ez a gyűjtemény azonban a professzor nyugalomba vonulása után 1896-ban visszakerült a Nagykönyvtár állományába. 1916-ban Zoltai Lajos (a Déri Múzeum igazgatója, a Kollégium hűséges növendéke) majd Csikesz Sándor vetette föl ismét a múzeum alapítás gondolatát. Csikesz Sándor az 1934-es Országos Református Kiállítás anyagának javát kívánta bemutatni egy Országos Református Múzeum keretében. (E két kezdeményezést a világháborúk hiúsították meg.)

A Művelődési Minisztérium végül 1964-ben adott engedélyt a nyilvános működéshez. Az intézmény gazdagításában, elsősorban a tiszántúli egyházművészeti kincsek sokaságának begyűjtésében és azok feldolgozásában elévülhetetlen érdemeket szerzett Takács Béla igazgató. Az új iskolatörténeti, majd az egyházművészeti állandó kiállítást a helyiségek teljes felújításával egyidejűleg Gáborjáni Szabó Botond rendezte 1996-ban, illetve 2001-ben.