A napjainkban Győri Egyházmegyei Könyvtár néven működő intézmény két értékes régi bibliotéka egyesítésével jött létre: a Papnevelő Intézet ill. a Székesegyház régi könyvállományát tartalmazza.

A győri Szeminárium 1688-ban kezdte meg működését. Könyvtára az első évszázad gyarapodásából meglehetősen kevés emléket őriz napjainkban, hiszen a gyűjteményt akkortájt több pusztítás is érte: 1763-ban a város egy részét romba döntő földrengés, 1784-ben az állomány Pozsonyba szállítása, 1809-ben pedig Napóleon katonáinak ittléte okozott károkat a gyűjteményben.

A gyarapodás legfontosabb forrását az adományok jelentették: 1793-ban Lőrentz János répcekőhalomi plébános 1300 kötetet, 1803-ban Dongó Mihály kanonok mintegy 2000 kötetet hagyott a könyvtárra, mely 1821-ben Balogh Sándor kanonok 5762 kötetből álló, számos ősnyomtatványt és értékes régi könyvet is tartalmazó gyűjteményével gyarapodott. Ez utóbbi jelentőségét növeli, hogy Balogh Sándor számos értéket vásárolt Bécsben, főként az ottani egyetem jeles professzorának hátrahagyott könyveiből; de megszerezte pl. Calovino József (Batthyány József esztergomi érsek jeles könyvtárosa) főként 18. századi nyomtatványokból álló, de néhány ritka kéziratot is őrző könyvtárát.

A 19. század folyamán kisebb hagyatékokkal tovább gyarapodó Szemináriumi Könyvtárat 1872-ben Zalka János püspök egyesítette a Székesegyház könyvgyűjteményével, átszállítatva ez utóbbit a Papnevelő Intézet újonnan épített, díszteremmel kibővített épületébe.

A Székesegyház könyvtára a 17. század első felétől indult jelentősebb gyarapodásnak, amikor az 1611. évi Nagyszombati zsinat határozatának megfelelően az itt működő püspökök és kanonokok könyveiket e gyűjteményre kezdték hagyni. Vásárhelyi Judit kutatásainak köszönhetően, ma már pontosan ismerjük a gyűjtemény 17. századi possessorait: Náprági Demeter félszáz kötettel van jelen - egy részüket őt megelőzően olyan jeles személyek mondhatták magukénak, mint János Zsigmond erdélyi fejedelem, Báthory Zsigmond, vagy Báthory István lengyel király -, Nyéki Vörös Mátyás neve 22 munkában szerepel, de győri kanonok tucatjainak ismerjük még több-kevesebb könyvét ebből az időszakból. Bár a későbbiekben sem minden érintett személy hagyta könyveit e gyűjteményre, az intézmény az idők során mégis jelentős mértékben gyarapodott.

A könyvtár utolsó nagy gyarapítója Holdházy János volt: az 1896-ban elhunyt győri kanonok (akinek nevét immár az egyik terem viseli) mintegy 4000 kötetet hagyott az intézményre, melyek között 26 ősnyomtatvány is volt. A gyarapodó gyűjtemény az épület bővítését is szükségessé tette: a könyvtár Várady Lipót Árpád püspöksége idején, 1911-1913-ban nyerte el mai formáját.

A Győregyházmegyei Kincstár és Könyvtár ma mintegy 67 ezer kötet könyvet, ezer kötetnyi folyóiratot, 190 ősnyomtatványt és 362 darab 1850 előtt készült kéziratot őriz. Értékes részét képezi az un. Jauriensia-Gyűjtemény, mely a Győri Egyházmegyére vonatkozó irodalmat ill. az egyházmegyében működött papok munkáit tartalmazza.