A győri püspökséget Szent István király alapította és ő rendelkezett arról, hogy a liturgikus cselekményekhez szükséges misekönyvek, szent edények, miseruhák megfelelő számban legyenek a székesegyházban. Az évszázadok alatt ebből alakult a püspöki kincstár, bár a legkorábbi időből egyetlen tárgy sem maradt.

A kincstár jellegében mindig liturgikus tárgyakból állt: az ajándékozó püspökök, főurak a saját koruk stílusának megfelelő értékes ötvösremekeket, pompás, sokszor 24 darabos textilgarnitúrákat adományoztak. A 15-16. században elsősorban magyar munkák, a 18. századtól egészen e század elejéig - az erős osztrák kapcsolatok miatt - többnyire bécsi darabok kerültek a gyűjteménybe.

A székesegyház története összefonódott a város történetével. Új köntösbe öltözött többször a templom, ezzel párhuzamosan bővült az egyházi gyűjtemény. 1526-ban pedig királyi rendeletre a kincstár felét be kellett szolgáltatni a királyi pénzverőbe, majd a 16-17. század folyamán gyakori tűzvész, valamint robbanások tizedelték a maradék felszerelést. A 18. században került sor a székesegyház legnagyobb átépítésére, mely lényegében a mai formában is látható.

Zichy Ferenc nemcsak a székesegyházat építette Magyarország egyik legszebb templomává, hanem rengeteg ajándékával az elszegényedett kincstárat és a templom belső berendezését is újjá varázsolta. Nyomdokain a 19. század végén két neves püspök haladt: Simor János és Zalka János püspökök, akik a kincstárat régebbi tárgyakkal is gazdagították, és új, a századvég stílusában készült darabokat adományoztak a templom kincstárának. Az első világháború kitörésének hónapjaiban országszerte mozgalom indult az egyházi javak megmentésére, így a győri egyházmegyében is több vidéki templom beadta a püspökségre a féltett darabokat. Ebből alakult ki a kisebb, de igen értékes egyháztörténeti múzeum anyaga. Több évtizedes tervezgetés után e gyűjteményekből készült a Győri Egyházmegyei Kincstár állandó kiállítása.