A katolikus restauráció földesúri támogatással tért nyert Sárospatakon. A Kollégium épületét Báthory Zsófia földesúrnőtől az ellenreformáció élcsapata, a jezsuita rend kapta meg. A református iskolának menekülnie kellett 1671-ben. Erdély fejedelme, Apafy Mihály fogadta be a tanárokat és diákokat. Többször igyekeztek visszatérni, de véglegesen csak 1703-ban sikerült.

A XIX. századi pataki iskola a felvilágosodás szellemétől áthatva a nemzeti haladás szolgálatában virágzott. Itt nyomtattak először anyanyelvükön tankönyvet és vezették be az anyanyelvű oktatást a latin nyelvű helyett (1810). A Kollégium a gimnáziumi tagozat mellett olyan főiskolának adott helyet, melyben lelkészeket, jogászokat és bölcsészeket képeztek.