A kalocsai érsekség egyházművészeti emlékei bemutatásának gondolata az 1980-as években fogalmazódott meg. Ekkor kezdték el összegyűjteni a főegyházmegye területén, a kalocsai főszékesegyházban és az érseki palotában található, bemutatásra érdemes műtárgyakat.

Klasszikus értelemben vett kincstárat (mint értékes tárgyak gyűjtőhelye) a korábbi századok kalocsai érsekei is létesítettek. Az itt őrzött művészi megmunkálású liturgikus eszközök, viseletek azonban 1529-ben, a város török kézre kerülésével megsemmisültek. Nem jártak jobban az egyházmegye más plébániái sem. Évszázadok építő-szépítő munkájának termései enyésztek el a török uralom alatt. Ily módon érthető, hogy azok a műtárgyak, melyeket 1988-ban az Érseki Kincstár kiállításához gyűjtöttek össze, zömmel a török kiűzése utáni időkből, a 18-19. századból származnak. Az ennél korábban készült darabok utólag, vásárlás, ajándékozás révén kerültek az egyházmegyébe, vagy a 19. század második felében Henszlmann Imre és a 20. század elején Foerk Ernő által folytatott kalocsai ásatások során találtak rájuk.

Az összegyűjtött műtárgy-együttest bemutató első állandó kiállítás 1988. augusztus 19-én nyílt. Az alapítók egy kiállításról álmodtak csupán, azonban nemsokára raktár kijelölésére volt szükség, mert egyre több műkincs került Kalocsára. Az elnéptelenedett, rossz állapotban lévő templomokból, plébániaépületekből sokszor a megsemmisülés veszélye elől mentették be a jobb sorsa érdemes darabokat. A papi hagyatékokból is számos művészi megmunkálású tárggyal gazdagodott a gyűjtemény. Évről-évre sikerült anyagából egyet-egyet restauráltatni is.

Fokozatosan körvonalazódott az Érseki Kincstár feladatköre, mely jelenleg a következő: "Az Érseki Kincstár a Kalocsa-Kecskeméti Főegyházmegye intézménye, a Kalocsai Főegyházmegyei Gyűjtemények önálló szakmai részlege, feladata a főegyházmegye területén található történeti és művészettörténeti értékű tárgyi anyag gyűjtése, nyilvántartása, megőrzése és restaurálása, tudományos feldolgozása és publikálása, valamint kiállításokon és más módon történő bemutatása. Az Érseki Kincstár szakmai segítséget nyújt a főegyházmegye templomaiban, plébániáin található műkincsek állagmegóvásához, a megfelelő őrzési feltételek kialakításához. Szükség esetén gondoskodik a különösen veszélyeztetett állapotú műtárgyak központi, kalocsai raktárában történő elhelyezéséről. Elősegíti a főegyházmegye területén a műtárgyvédelmi szempontok érvényesülését."
(Idézet az SZMSZ-ből)