A Baranya megyei múzeumok az ország egyik legnagyobb, legsokoldalúbb múzeumi hálózata. 1904 óta vesz részt a múlt emlékeinek gyűjtésében, tudományos feldolgozásában azért, hogy közreadásukkal hozzájáruljon polgáraink hely- és önismeretének elmélyítéséhez, történelemszemléletének formálásához.

A fejlődés minőségileg új korszaka az 1949-es múzeumi "törvény" megjelenése után kezdődött - új irányokkal, feladatokkal. 1951-ben a pécsi Városi Majorossy Imre Múzeum és a Baranya Megyei Múzeum gyűjteménye egyesült Janus Pannonius Múzeum néven, majd 1958-ban a többi kiállítóhellyel együtt a Baranya Megyei Tanács kezelésébe és irányítása alá került. Így az országban elsőként jött létre Megyei Múzeumok Igazgatósága.

A hatvanas évektől új kiállítóhelyek sokasága létesült. Fokozatosan kialakult a pécsi "múzeumutca", Mohácson, Komlón, Szigetváron és Siklóson gazdag anyaggal ismerkedhetnek meg a látogatók, több faluban pedig tájházakban mutatják be a népi életet. Fontos eredménynek tekinthető az is, hogy az MTA tudományos kutatóhellyé minősítette intézményünket.

A múzeum egyre összetettebbé váló feladatrendszere azonban túlnő a történelmi múlt tudományos feltárásán: az idegenforgalmi, műemlékvédelmi szerepvállalás, az iskolai oktatásban és közművelődésben való részvétel, az egyházakkal, önkormányzatokkal történő együttműködés, a honismereti, a várbaráti mozgalommal létrejött közös munka egyre több szállal köti a mindennapi kultúrához, a helyi társadalom struktúrájához.

A Baranya megyei múzeumi szervezet jellemző sajátossága, hogy valamennyi szakmai osztálya külön működik, s ezek az egységek önállóan is rendelkeznek a múzeumi normatívák szerinti besorolás kritériumaival.

A múzeum természettudományi osztályán több évtizede tervszerű gyűjtőtevékenység folyik; a Dunántúl egyik legjelentősebb nagyságú és értékű anyaga részben megtekinthető a "Mecsek és környéke természeti képe" c . kiállításon, Pécsett, a Rákóczi u. 64. sz. alatti épületben.

A régészeti tár fejődése a századforduló óta folyamatos. Magába foglalja a megye összes régészeti leletét, mintegy 300.000 db leltározott tárgyat. A régészeti osztályon a neolitikumtól kezdve a régészeti korszakok mindegyikében folyik kutató, feltáró, feldolgozó munka. A tudományszaknak a megyében 11 állandó kiállítása van.

Az Új és legújabbkori történet osztályának működési feltételei 1985-ben, a pécsi Várostörténeti Múzeum létesülésével teremtődtek meg. A múzeum állandó kiállítása már megnyitásakor kiterjedt gyűjteményi háttérre támaszkodhatott. Jelenleg közel 50.000 történeti dokumentummal rendelkezik; a megye területén további 7 kiállítóhelye van.

A néprajzi gyűjtemény a népi gazdálkodás tárgyi emlékeit, az ország második legnagyobb textilgyűjteményét és rendkívül jelentős folklór-anyagot foglal magába. A megye változatos etnikai képének megfelelően igen fontos szerepet játszanak a nemzetiségi néprajzi gyűjtemények és kiállítóhelyek. Mohácson a Kanizsai Dorottya Múzeum gondozásában országos délszláv néprajzi bázismúzeum működik. A megye területén 15 néprajzi profilú állandó kiállítás tekinthető meg.

A megyei képző- és iparművészeti muzeológia látványos fejlődése 1955-ben a Zsolnay Múzeum létesítésével kezdődött, majd 1957-ben a Modern Magyar Képtár megnyitásával vett jelentős lendületet. A helyi mecenatúra áldozatkészsége és a múzeumi szakemberek felkészültsége együtt tették alkalmassá Pécs városát arra, hogy itt alakuljon ki az ország legjelentősebb modern magyar művészeti gyűjteménye, Budapest után a képzőművészeti gyűjtés legfőbb centruma. A XX. századi magyar és nemzetközi művészeti progresszió iránt elkötelezett muzeológiai tevékenység a "múzeumutcát" alkotó életmű-múzeumok sorában öltött testet. A gyűjtemény közel 10.000 képzőművészeti és 18.000 iparművészeti tárgyat foglal magában.