1966-ban alakult meg a komáromi Klapka György Múzeum, melynek vezetője a múzeumügy évtizedek óta elkötelezett híve, Kecskés László lett.

1965-ben nyílt meg a római kőtár, 1987-ben pedig a Dr. Juba Ferenc magyar tengerészettörténeti gyűjtemény.

Időközben Kecskés László és a Komárom múltját tisztelő polgárok jóvoltából a múzeum helytörténeti, az 1992-ben meginduló Komárom/Szőny-Vásártéri római kori ásatások és leletmentések révén pedig a régészeti gyűjtemény gyarapodott olyan ütemben, hogy azt a meglévő kiállító- és raktárhelyiségek már nem tudták befogadni. Dr. Krajczár Gyula polgármester támogatásával 1996-ban megnyílt a múzeum főépülete, ahol a Komárom római kori történetét bemutató állandó kiállítás mellett időszaki kiállítóterem is működik. Itt Komáromhoz kötődő képző- és iparművészeti, valamint néprajzi és helytörténeti kiállítások kerülnek megrendezésre.

Ennek keretében nyílt meg többek között 2000 tavaszán a "Képíró szépíró - Jókai Mór képzőművészeti alkotásai" című kiállítás; 2002-ben a "Komáromi Csillagok" című kiállítás - Klapka György halálának 110., Kossuth születésének 200. évfordulója emlékére, valamint a "110 éves a komáromi Erzsébet híd" című kiállítás, 2004 tavaszán pedig a "110 éves a komáromi lótenyésztés" c. időszaki kiállítás.

A régészeti gyűjtemény mellett a múzeum legnagyobb gyűjteményi egysége a "Két haza egy szívben" című felvidéki néprajzi gyűjtemény, melyet az 1997-ben megrendezett időszaki néprajzi kiállítás lebontása után ajándékozott a gyűjtő, Horsa Istvánné a múzeumnak. Az anyag az 1946 és 1948 között a szlovákiai Komárom környéki falvakból Magyarországra telepített, s idővel Dél-Komáromba, a szülőföld közelébe költözött családok által megőrzött relikviákat (viseletek, bútorok, használati tárgyak, mezőgazdasági eszközök, dokumentumok, fényképek) tartalmazza. A gyűjtemény egyes tárgyai tematikus időszaki kiállítások keretében kerülnek bemutatásra.

Az intézmény képzőművészeti tára komáromi származású neves festők műveit tartalmazza. Lenhardt György, Harmos Károly, Basilides Sándor, Nagy Márton, Angyal Kálmán egy-egy képe mellett a Klapka György Múzeum tulajdonában van egy Jókai Mór által 1843-ban festett kisebb portré is, mely kecskeméti szállásadónőjét, Gyenes Mihálynét ábrázolja. Múzeumunk rendelkezik a legnagyobb Rauscher György gyűjteménnyel is. Az 1902 és 1930 között élt komáromi (Észak-Komárom) származású festőművésznek az 1920-as években divatos új tárgyiasság, ill. az art deco szellemében festett képei az 1998-ban elhunyt fivér, Rauscher László örökségeként kerültek a tulajdonunkba. 1997-ben ajándékozta nekünk az 1946 óta Pásztón élő Leszenszky László festőművész azt a mintegy 50 festményét, melyek gyermekkora Komáromáról (Észak-Komárom), régvolt utcáiról, tereiről, üzleteiről, épületeiről és szórakozóhelyeiről mesélnek.

A múzeum iparművészeti gyűjteményét a komáromi származású Munkácsy-díjas Kecskés Ágnes gobelintervező iparművész falikárpitjai alapozták meg. A millecentenáriumra készített "Himnusz" és a "Komárom" című gobelinek a Polgármesteri Hivatal hivatalos helyiségeiben kerültek kiállításra.

A múzeum 2000-ben útjára indította az Acta Archaeologica Brigetionensia című kiadványát a brigetiói leletanyag tematikus bemutatása céljából.