Egy jelentős múltra visszatekintő felsőoktatási intézménynek elengedhetetlen feladata elődei emlékének ápolása, múltjának, történeti relikviáinak felkutatása, majd szakszerű feltárása és kiállítása. A pécsi universitas 625. évfordulójára Kelényi Gábor, a POTE rektorának kezdeményezésére megalakult az ország első egyetemtörténeti, elsősorban az orvostudományi képzés történetét bemutató múzeuma.

Az egyetem többi tudományterületére és karára is kiterjedő egyetemtörténeti bemutató gondolata 1997 őszén merült fel, amelyet támogatott a Janus Pannonius Tudományegyetem, a Pécsi Orvostudományi Egyetem és Pécs Megyei Jogú Város vezetése is.

A múzeum helyszínéül a város egyik legimpozánsabb lakóháza, a Vasváry-ház szolgált, melyben Tóth József rektor nyitotta meg 2000. szeptember 1-jén, Pécs város napján az egyetem, a város polgárai és látogatói számára az egyetemtörténeti kiállítást.

A 2000-ben kezdődő egyetemi integráció (a két pécsi egyetem, valamint a szekszárdi Illyés Gyula Főiskola egyesülése) újabb lökést adott a közös múlt relikviáinak lehető legteljesebb bemutatására. A jelenlegi Egyetemtörténeti Gyűjtemény a Pécsi Tudományegyetem Egyetemi Könyvtárának szervezeti egységébe tartozik.

2006. október 31-én a Vasváry-házban lévő kiállítás megszűnt, állományának további megőrzését, kezelését az egyetem bibliotékája vállalta magára.

Az új állandó egyetemtörténeti kiállítás a Klimo Könyvtár épületében nyitotta meg kapuit 2010. november 17-én. Az állandó kiállítás mellett minden évben az egyetem történetéhez kapcsolódó időszaki kiállításokat láthatnak látogatóink, melyek közül több egy-egy egyetemi eseményen, kari rendezvényen, évfordulón kerül megrendezésre.

A gyűjtemény mellett a muzeális Klimo Könyvtár megtekintésére is lehetősége nyílik a látogatóknak.