A Kollégium évszázadokra visszatekintő múltját az összegyűjtött és megőrzött könyvállománya is jól szemlélteti. A Történeti Könyvtár első szakszerű rendezésére Tóth Dániel könyvtárossága alatt (1877–1897) került sor. Az ő munkáját folytatta Borsos István (1897–1918), aki az állományt 32 szakba sorolta be, és kiadta a könyvtár nyomtatott katalógusát két kötetben. A Református Főiskolai Könyvtár állománya 1885-ben a megszűnt Jogakadémia, 1890-ben az ugyancsak megszűnt Tanítóképző könyveivel gyarapodott. A Jókai Kör, a Nőnevelő Intézet könyvtára is ebbe a gyűjteménybe olvadt be 1945 után. A Történeti Könyvtár felújított kutatótermében a tudományos kutatókat és a Teológiai Akadémia növendékeit fogadjuk.

Ritka kincseket is őrzünk gyűjteményünkben. Legértékesebb az a 15. századi, kisméretű kódex, amely a német nyelv svájci dialektusában, gót betűkkel írt imádságokat és egyházi naptárt tartalmaz. Könyvtárunkba ifj. Pázmándy Dénes ajándékaként került. Szintén kéziratos formában maradt ránk a Kollégium 1585. évi törvénykönyve.Figyelemre méltó nyomtatványunk a Huszár Dávid által Pápán 1577-ben nyomtatott könyv, a Heidelbergi Káté magyar fordítása. Szintén egyedülálló darabja állományunknak Bornemisza Péter: „Ördögi kisértetekrül" című munkája, mely 1579-ben jelent meg. Ez a kötet azért különleges, mert ebben a formájában ez az egyetlen példány maradt fönn belőle. Ugyancsak nagy becsben tartjuk az 1841-ben alakult Képzőtársaság ún. „Érdemkönyv"-ét, amely Petőfi és Jókai kézírását őrizte meg számunkra. Kézirattárunk is számos értékes és egyedi munkát tartalmaz.