Az új kincstár két restaurátor-műhelyében ötvös- és textiltárgyak javítása, tisztítása, restaurálása folyik, külső megkeresésre is. A műhelyek előzetes bejelentkezés alapján látogathatók.

A régi Gyöngyöst szinte megsemmisítő tűzvészeknek leginkább a textilek estek áldozatul. Tizenkét miseruha mégis megőrződött a sekrestyében.

A kincstár páratlan ötvöstárgy-gyűjteménnyel rendelkezik. A tárlaton 1500‒1510 között készült filigrán díszítésű kelyhek, 15‒17. századi talpas keresztek, úrmutatók, cibóriumok tekinthetők meg. Ezeket egészítik ki a későbbi századokban készült helytörténeti relikviák.

A gyűjtemény barokk kori könyvanyaga mellett a múzeumban a magyar könyvnyomtatás számos értékes példánya is megtalálható. Misekönyvek, Szentírások, evangéliumi kommentárok, szentek életei és történelmi témájú kötetek teszik értékesebbé a kollekciót.