A Wesselényi-összeesküvés részeseként anyja, Báthory Zsófia és a jezsuiták közbenjárására, súlyos váltságdíj kifizetése után menekülhetett meg a büntetéstől. 1671. február 21–én megszületett az egyezség Báthory Zsófia és Lipót császár között, amely szerint Rákóczi a váltságdíj és jó néhány vára átengedése fejében büntetlen maradt. Ettől kezdve egészen haláláig semleges próbált maradni.