A vármúzeum létesítésének ötlete már 1941-ben felmerült Füleken. König Kelemen ferences szerzetes "Várbizottságot" alapított, mely pénzt gyűjtött az alakuló intézményre és a füleki vár régészeti feltárását sürgető kérvényt küldött a Magyar Nemzeti Múzeumba. A munkát dr. Kalmár János régész kezdte meg 1944-ben, de a közelgő front hosszú évekre megszakította nemcsak az ásatásokat, hanem a múzeumalapítás folyamatát is.

Nógrád szlovákiai részének első, máig működő múzeuma 1951-ben a füleki Járási Honismereti Múzeum volt, melyet 1960-ban az akkori közigazgatási reform következményeként Városi Múzeummá fokoztak vissza. 1967-ben a városba "költözött" a Losonci járás Járási Honismereti Múzeuma, mely 1955-ös alapítását követően a gácsi várkastélyban székelt (1971-től Füleki Nógrádi Múzeum név alatt működött). 1976-ban - önálló részlegként - ehhez csatolták a Városi Múzeumot. 1967 és 1984 között így a városban két állandó kiállítás is látogatható volt: a Városi Múzeum állandó kiállítása a ferences kolostor földszinti helyiségeiben, valamint a Nógrádi Múzeum állandó kiállítása a Vigadó épületében.

1984-ben a Nógrádi Múzeumot - az épület nem megfelelő állapotára hivatkozva - Losoncra költöztették, majd 1988-ban lebontották a kolostorban berendezett állandó kiállítást is. A városka, melynek lakosai hosszú időn át két állandó kiállításra is büszkék lehettek, a rendszerváltás évére múzeum nélkül maradt.

1993-ban új fejezet kezdődött a füleki múzeum történetében. A város kérésének eleget tett a SZK Kulturális Minisztériuma, mint a Nógrádi Múzeum akkori fenntartója, és a Városi Múzeum gyűjteményének egy részét - mely akkor már hat éve őrizetlen raktárakban tengődött - Fülek Városnak ajándékozta. A megújított Városi Múzeum a Városi Művelődési Központ részlegévé vált, mely állandó kiállítását a Vigadó három helyiségében nyitotta meg 1994-ben. 15 év elteltével azonban szükségessé vált az intézmény átszervezése.

A vármúzeum egykori gondolata 2005-ben újra felmerült az önkormányzat fejlesztési tervei között. A 2006-2007-es időszakban lezajlott a város tulajdonában lévő vár Bebek-tornyának műemléki felújítása és a tervezett új funkcióhoz való adaptálása. 2007 áprilisában megalakult a Füleki Vármúzeum, mely kezelésbe kapta az egykori Városi Múzeum gyűjteményeit és a füleki várat. 2008 augusztusában a Vármúzeum az ötemeletes Bebek-torony alsó három szintjén megnyitotta "A füleki vár évszázadai" c. kiállítását, mely a vár és a város történetén vezeti végig a látogatót az első írásos emléktől a vár 1682-es lerombolásáig. A vár makettje mellett kiállításra kerültek az erődítmény feltárása során napfényre került középkori és kora újkori régészeti leletek a Szlovák Nemzeti Múzeumból (középkori magyar királyokat és szenteket ábrázoló kályhacsempék), a vár eredeti kulcsai, valamint a Fülek 39 éves török hódoltságából származó tárgyak. A torony alsó szintjén a környék legjelentősebb régészeti lelőhelyeinek bemutatóhelye került kialakításra. A több mint 3000 éves várgedei bronzkincs néhány darabját és a ragyolci bronzkori temető kerámiaanyagának egy részét a losonci Nógrádi Múzeum és Galéria kölcsönözte. Hatalmas történelmi és esztétikai értékkel bírnak a Perse határában feltárt avar-szláv és honfoglalás kori övveretek is. A Városi Honismereti Múzeum a Füleki Vármúzeum részlegeként dolgozik tovább. Állandó kiállítását 2008 nyarán bezárták, mert az épület felújításra szorult. Az új állandó kiállítás, melyben nagy hangsúlyt kap a helyi ipar (a zománcgyár) története, Fülek 1682 utáni történetét mutatja be.