Az intézményt az 1899-ben megalakult Békéscsabai Múzeumi Egyesület hozta létre. A gyűjteményfejlesztés kiterjedt a régészet, a néprajz, a képzőművészet, a történeti emlékek, a numizmatika, az iparművészet, a természetrajz, valamint a paleontológia területére is.

1910-ben a város múzeumpártoló vezetőtestülete a tekintélyessé nőtt gyűjtemény számára új épületet terveztetett Wágner József helyi építésszel. A neoklasszicista épületet - amely ma is a múzeum otthona - 1914-ben avatták fel.

A múzeumot a nagy realista festőről, Munkácsy Mihályról (Munkács 1844 - Endenich 1900) nevezték el, aki gyermekkorát Békéscsabán töltötte.

Az intézménynek jelenleg közel 170 ezer régészeti, 10 ezer néprajzi, 5500 képzőművészeti, 4500 történeti és több ezer természettudományi műtárgya van. 37 ezer tételes történeti adattára és majd 50 ezer felvételből álló fotótára is jelentős.

Legfontosabb műtárgyai között tartják számon a Munkácsy Mihály relikvia gyűjteményt, (személyes használati tárgyai, fotók életéről, műveiről, modelljeiről, írásos dokumentumok) festményeit, a magyarországi szlovákok és románok hagyományos kultúrájának emlékeit, valamint a madártani gyűjteményt is.