A Viski Károly Múzeum jogelődjének a városháza folyosóján 1932-ben létrejött muzeális gyűjteményt tekinthetjük. Hosszú évek vitái után Antalffy Sándor polgármester pártfogásával megalakult a Városi Múzeum Bizottsága nevű civil szerveződés, melynek kérésére a városi közgyűlés ideiglenes jelleggel átengedte a városháza egyik folyosóját.

1932. június 2-án dr. Horváth Győző püspök megnyitotta Kalocsa első múzeumát. A nagyrészt Gábor Lajos festőművész által gyűjtött múzeumi anyag sajnos a II. világháború alatt szétszóródott, elpusztult. Csupán néhány darabot őriz a Viski Károly Múzeum ebből a korszakból: ezek a tárgyak - ritkaságuknál fogva - féltett kincsei a kalocsai múzeumnak. A Gábor Lajos által gyűjtött majd szétszóródott múzeumi anyag egy részét később sikerült visszaszereznünk: ajándékozás illetve vásárolás útján, magánszemélyektől.

Az országos szervek többször szorgalmazták a múzeum végleges elhelyezését, de Laszczik Ernő igazgató lankadatlan fáradozásai ellenére is minduntalan meghiúsultak a tervek. Először a Szentháromság tér gyönyörű épülettömbjét, a XVIII. századi, copf stílusban épült - azóta műemlékké nyilvánított - érseki Jószágkormányzóságot jelölték ki múzeum számára. Laszczik Ernő kezében az átadott ingatlan kulcsaival készülődött a költözködésre, a legutolsó pillanatban azonban az orosz hadsereg megszállta és elfoglalta az épületet. Később a Főszékesegyház és a Zárda közötti kanonoki lakóépületet jelölték ki múzeumak, de többszöri tárgyalás után ezt is más célra engedték át, így a városi múzeum a városházán maradt. Az államosítás tehát a régi helyen találta a kalocsai múzeumot. Laszczik Ernő halálával (1955) megrekedt a kalocsai múzeum ügye. Egy időre a helyi gimnáziumi szertárakba költöztették a múzeumi anyagot.

1970-ben azonban a Városi és Megyei Tanács elhatározta a kalocsai néprajzi-helytörténeti gyűjtemény önálló tájmúzeummá fejlesztését illetve a Belvárosi Iskola múzeumi célokra történő átadását, amely egy éven belül meg is valósult. Az 1971. évet követő időszakban a Viski Károly Múzeum egyre terjeszkedett, jelentős mértékben gyarapította gyűjteményeit, s igen gazdag muzeális anyaggal rendelkező tájmúzeummá vált. 1993 óta Romsics Imre néprajzkutató muzeológus az intézmény igazgatója. Ebben a rövid időszakban a régészeti-, a néprajzi-, a történeti dokumentációs-, az adattári-, a fotó- és a könyvtári gyűjteményeink egyenként is sok-sok ezer darabbal gazdagodtak.

A kalocsai Viski Károly Múzeum tíz féle gyűjteményt őríz. A múzeum egyik legértékesebb része a Kalocsai Ásványgyűjtemény, melyet az Ásványok és az élet c. kiállítás mutat be. Ugyancsak a jezsuiták gimnáziumából került a Viski Károly Múzeum tulajdonába a Kalocsai Éremgyűjtemény is.

A néprajzi gyűjtemény legértékesebb és legérdekesebb része a textilgyűjtemény, mely a 19. század közepétől napjainkig mutatja be a kalocsai népművészet és népviselet különböző korszakainak emlékeit.

A régészeti gyűjtemény darabszáma nem nagy, hiszen a kalocsai múzeumnak néhány hónap kivételével - sosem volt régész muzeológusa. Viszont értékes darabok kerültek a múzeumba Homokmégy-Halom avar- és honfoglalás-kori temetőjéből: többek között egy rovásírásos csontlemez.

A történeti dokumentációs gyűjtemény számtalan érdekes és értékes darabot őriz: archív fotókat, képeslapokat, újságokat, különböző nyomtatványokat, melyek túlnyomó többsége a Kalocsai Sárköz és Kalocsa történetének emlékei, de jelentős számban képviseltetik magukat az országos események dokumentumai is.

Adattári-, Történeti- és Képzőművészeti gyűjteményünk szám szerint nem nagy, de Kalocsa és a Kalocsai Sárköz szempontjából különösen értékes és becses darabokat őríznek. A 10.000 kötetet meghaladó könyvtárunknak közel ötöde kalocsai nyomtatvány.