Az 1972-ben alapított, majd 1992 óta önálló, észak-dunántúli regionális szakmúzeumként működő intézmény - jogelődein és azok máig féltve őrzött gyűjteményein keresztül - évszázados múltra tekint vissza. A mai múzeum gyökerei a Laczkó Dezső által 1902-ben alapított Veszprém Vármegyei, majd Bakonyi Múzeumig nyúlnak vissza, mely a helytörténeti és régészeti gyűjtemények mellett paleontológiai valamint geológiai leletekkel is büszkélkedhetett.

Az 1950-es években került a Bakonyi Múzeum kutatói közé Papp Jenő entomológus, aki sokáig az intézmény egyetlen természettudományos muzeológusaként dolgozott az osztály bővítésén, fejlesztésén. Munkájának köszönhetően intenzívebbé vált az élő természettudományok hegységbéli kutatása és dokumentálása; további érdeme az immár országos hírű rovargyűjtemény megalapozása. Kezdeményezésére indult útjára a "Bakony természeti képe" c. kutatási program. Ennek keretében - már az első évtizedben - a természettudományok országos, illetve világhírű kutatói dolgoztak, bizonyos tudományterületeken az ország legjobban kutatott régiójává téve a Bakony-vidéket.

E tudományos munkával párhuzamosan fogalmazódott meg az önálló természettudományi múzeum igénye. 1972-ben végre megnyitották Zircen, a ciszterci kolostor műemléképületében - Bakonyi Természettudományi Múzeum néven - az ország első vidéki természettudományi szakmúzeumát.

1970-től Tóth Sándor vette át az intézmény vezetését. A különálló intézmény létesítésével kapcsolatos feladatok megoldása az utolsó két évben így már az ő feladata lett. A kezdetekkor csupán néhány fős intézményben jelenleg 17 munkatárs dolgozik. Tóth Sándor nyugállományba vonulása után az új kor kihívásaival fűszerezett szerteágazó feladatrendszert 1992-től Futó János geológus vette át. Az új igazgató már egy gazdaságilag is önálló intézmény élére került. 2002-től az intézmény új, kinevezett igazgatója Kasper Ágota zoológus.

A hagyományos hármas múzeumi alapfunkciónak való megfelelési szándék (tudományos kutatás, gyűjteményfejlesztés és az ezekre épülő közművelés-ismeretterjesztés) a kezdetektől meghatározza az intézmény működését, feladatait.

Tudományos munka: A múzeum kezdettől fogva jelentős tudományos eredményeket ért/ér el. Ezek egy részét az intézmény saját folyóiratában (Foka Musei Historico-Naturalis Bakonyiensis) és monográfia-sorozatában (A Bakony Természettudományi Kutatásának Eredményei) publikálja. A Bakony-kutatók szervezett eszmecseréje (Bakony-kutató Ankét) kb. kétévente kerül megszervezésre.

A múzeum szerepet vállalt védett területek tudományos megalapozásában is, valamint rendszeresen készít kutatási jelentéseket, kezelési terveket cégek, önkormányzatok számára is.

Néhány a munkatársak kutatási témái közül: geológia, geomorfológia, növénytaxonómia, florisztika, növénycönológia, közösségi- és növényökológia, rovar-faunisztika, rovarökológia, élőhelyindikáció, ornito-faunisztika, természetvédelmi ökológia.

Gyűjtemények: Kiemelt fontossággal kezeljük a terepi kutatásokat dokumentáló gyűjteményi anyagokat, hiszen ez teszi a kutatóhelyet múzeummá. A gyűjtemények mindegyike jelentősen növekedett létrehozásuk óta. Ki kell emelni a botanikai gyűjteményt, mely az 1972-es önállósodás óta vált számottevő méretűvé, illetve a rovargyűjteményt, melynek egyedszáma a 250 ezret közelíti.

Közművelődési munka: A sokrétű közművelő munka legnagyobb tömegeket érintő formája a folyamatosan szépülő, gazdagodó állandó kiállítás. Az évi 50 000 látogató maradandó élménnyel távozik a didaktikailag is magas színvonallal felépített, több tucatnyi dioráma megtekintése után.

A kiállítás mellett a közművelés szintén széles köröket célzó formája az ismeretterjesztő kiadványok megjelentetése és terjesztése. Muzeológusaink szemléletformáló írásai sokszor szerepelnek a regionális napilapok és országos folyóiratok hasábjain is. A Bakonyi Természettudományi Múzeum Baráti Körének programjai előadásokkal, kirándulásokkal várják az érdeklődőket.