Eseményekben bővelkedett az a közel száz esztendő, amely a szakma első, nyilvános bemutatójától a kiállítás és egyben egy új múzeumépület átadásáig vezetett.

1896-ban, a millennium évében rendezett országos kiállításon külön kiállítási csarnokban mutatkozott be a magyar vízépítészet. A kupola alatt Széchenyi Istvánt - a XIX. századi folyószabályozási munkálatok elindítóját - és a nagyszabású munkák névtelen robotosait megörökítő szoborcsoport fogadta a betérőket. A csarnok két szárnyában a Duna és a Tisza folyam, illetve a hozzájuk kapcsolódó állami hivatalok, társulatok és magán kiállítók kaptak helyet.

A kiállításon bemutatott anyag nem maradt együtt, a kiállítók részben visszaszállították, részben az akkor alapított Mezőgazdasági Múzeumba kerültek. Amikor 1934-ben a Mezőgazdasági Múzeumot átszervezték, az új vízügyi bemutatón fel nem használt anyagtól a múzeum meg kívánt szabadulni. Sajó Elemér vette kezébe a dolgok irányítását, a műszereket a Műegyetem vízépítési tanszékének juttatták, a dokumentációs anyagot pedig a Földmívelésügyi Minisztérium vette át. Innen az anyag jelentős része a Vízrajzi Intézethez került, ahol megalakították a Vízrajzi Intézet Múzeumát, ahol már korábban is gyűjtötték a megszűnt vízügyi állami hivatalok, valamint a létező vízügyi állami hivatalok - ügyvitelben már nem szükséges - iratait és terveit. A II. világháború és az azt követő intézeti átszervezések nem kedveztek a gyűjtemény egyben maradásának, gyarapodásának.

A vízügyi emlékek összegyűjtése és kiállításon történő bemutatása csak századunk második felében került napirendre. 1954-ben az Elnöki Tanács 1954. évi 4. sz. törvényerejű rendelete intézkedett a műszaki és ipartörténeti emlékek védelméről, ez alapozta meg a szervezett gyűjtés megindulását, s tette lehetővé az iparági múzeumok, gyűjtemények egész sorának létesítését. Az Országos Vízügyi Hivatal (OVH) 1973-ban, Vízügyi Dokumentációs és Továbbképző Intézetének egyik szervezeti egységeként alapította meg a Magyar Vízügyi Múzeumot, budapesti székhellyel.

Az alapítást követően a múzeumnak állandó kiállítása nem volt, a gyűjtemények egy Duna-sori bérelt épületben nyertek elhelyezést. Végleges megoldásnak tűnt a gondok felszámolására az Esztergom belvárosában lévő egykori káptalani épület megvásárlása, benne a gyűjtemények elhelyezése és kiállításon történő bemutatása. A XVIII. században épített, barokk, műemlék jellegű épület felújítását követően földszinti termeinek egy részében, valamint az emeleten és a hangulatos belső udvaron rendezték meg a kiállítást. Az egyes gyűjtemények (dokumentációs, könyv) a múzeum udvarán meghagyott "felvonulási" épületben kaptak "ideiglenes" elhelyezést.

1993-ban Vízügyi Múzeum, Levéltár és Könyvgyűjtemény (VMLK) néven alakult meg az az intézmény, amelynek egyik szervezeti egysége lett - mai hivatalos nevén - a Magyar Környezetvédelmi és Vízügyi Múzeum. A Múzeum 1980-ban megnyitott első állandó kiállításának címe: A Duna és a magyar vízgazdálkodás története. A kiállítást 18 évi működés után 1998-ban bontották le és ezzel kezdetét vette a múzeumépület teljes rekonstrukciója. A küllemében és a működés körülményeiben megújult Duna Múzeum 2001. október 9-étől várja ismét látogatóit.

A Múzeum szakmai felügyeletet lát el az ország számos pontján található vízügyi gyűjtemény és kiállítóhely fölött. A vízügyi gyűjtemények általában vízügyi és ipartörténeti jelentőségű szivattyúházakban, gátőrházakban, festői környezetben nyertek elhelyezést. Legjelentősebbek a Szolnok - Milléri Szabadtéri Vízügyi Múzeum, Szeged Maros-toroki Gátőrház, Mezőberény Peres Szivattyútelep és Természetvédelmi Bemutatóház, Nyíregyházi Vízügytörténeti Gyűjtemény, Nagyecsedi Szivattyútelep és Szabadtéri Vízügytörténeti Kiállítás, Török-éri Szivattyútelep, Lankóci Gátőrház, Orosházi Kútmúzeum. Kiállításaikban a térség vízrajzával, a vízépítési munkálatok során alkalmazott műszaki-technikai megoldásokkal és eszközökkel, gondosan karbantartott század-végi szivattyúkkal ismerkedhetnek meg a látogatók.