A Bodrog átkelőhelyénél épült Patak és környéke a XI. sz.-tól királyi birtok; Perényi Péter itt építi fel családja új székhelyét 1534 és 1541 között, miként levelei is bizonyítják.

A középkori város központjának déli felét vették körül fallal és árokkal. Ennek délkeleti szegletén rezidenciául hatalmas torzult négyzet alaprajzú ötszintes lakótornyot emeltek. A városfalnak a torony falába bekötött csatlakozásai és a lőrések tanúsítják, hogy a torony a városfallal egy időben és egy stílusban épült.

A váregyüttest az észak-itáliai Alessandro Vedani terveivel, irányításával, késő reneszánsz stílusban magyar mesteremberek készítették. A román, gótikus faragványtöredékek a korábbi domonkos kolostor és a közeli várkastély maradványai. 1540 és 1567 között épült a keleti, a Perényi-szárny. 1567 után a Királyi Kamara, 1573-tól a Dobó család, 1608-tól Lorántffy Mihály uralta és építette tovább a várat.

1616 fordulópont volt a vár életében: Lorántffy Zsuzsanna - a tulajdonos - házasságot kötött I. Rákóczi György leendő erdélyi fejedelemmel. Így Patak lett a Rákóczi birtok fejedelmi központja és összekötő híd a Királyi Magyarország és Erdély között.

1640-től a tulajdonosok rangjukhoz méltóan bővítették a várat: felépült a déli, a Lorántffy-szárny, a loggia, az ágyúterasz. 1660-tól I. Rákóczi Ferenc és anyja Báthory Zsófia, 1676-tól II. Rákóczi Ferenc és Julianna lettek a vár birtokosai, amelyet azonban 1670-től császári katonaság tartott megszállva.

Ennek ellenére Patak a kuruc mozgalmak központja lett, hiszen egyrészt Zrínyi Ilona második férjével, Thököly Imrével többször is időzött a várban, másrészt 1697-ben a város a hegyaljai felkelés egyik központjaként szolgált. A Rákóczi szabadságharc idején, 1708-ban pedig itt tartották a jobbágyfelszabadító országgyűlést.

1711-ben az új birtokos Trautsohn herceg lett, aki a tűzvész által többször is sújtott várat barokk ízlésben újíttatta meg. 1776 és 1807 között a sárospataki vár kamarai birtok volt, majd a Bretzenheim hercegi család kezébe került, akik rezidenciául felújították: akkor alakították ki a várkastély romantikus és eklektikus ízlésű külső és udvari homlokzatait, megőrizve azonban a XVI-XVII. századi reneszánsz jelleget.

A vár 1875-től a Windischgrätz hercegek, 1945-től pedig a magyar állam tulajdona lett. A Múzeum 1950 óta gondozza a Rákóczi örökséget.