Komlón az első múzeumi intézmény 1954. március elsején alakult meg "Komlói Múzeum" néven. Fő tevékenységi köre ebben az időszakban, az ásványok, kőzetek, ősmaradványok és a helyi szénbányászat emlékeinek gyűjtése, feldolgozása és bemutatása volt. Az 1970-es évek közepén megkezdődött a vidék flórájának és faunájának feltárása is. Az 1990-ig a megyei múzeumi szervezethez tartozó Komlói Múzeum többször nevet változtatott, majd 1990. június 7-én létrejött az önkormányzati tulajdonban lévő Komlói Természettudományi Gyűjtemény, míg a helytörténeti gyűjtemény Városi Helytörténeti Múzeum néven működött tovább. A rendszerváltást követően mindkét muzeális intézmény, a város főterén elhelyezkedő, egykori járási pártszékházban nyert elhelyezést.

A Komlói Természettudományi Gyűjtemény új állandó kiállítása 1997-ben nyílt meg "A Mecsek természetvilága" címmel.